دانشکده پزشکی دانشگاه شاهد از سال ۱۳۷۱ با هدف تربیت پزشک عمومی  برابر مجوز وزارت بهداشت درمان وآموزش پزشکی با پذیرش ۴۸ دانشجو فعالیت خود را آغاز نمود. در حال حاضر 375 دانشجوی پزشکی در مقاطع علوم پایه و بالینی و38دانشجو دردوره تحصیلات تکمیلی دررشته‌های کارشناسی ارشد اقتصاد بهداشت، میکروب شناسی، فیزیولوژی، و ایمونولوژی و13 دانشجو در دکترای تخصصی باکتری شناسی پزشکی به تحصیل  اشتغال دارند.

   67هیات علمی دانشکده در12 گروه آموزشی مسئولیت آموزش و پژوهش دانشجویان  را برعهده دارند.

    تاکنون800 دانشـجو در مقـطع دکترای حرفه ای پزشکی و190دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد و 3دانشجو در رشته دکترای تخصصی از دانشکده پزشکی دانش آموخته شده اند.